Удалить "неудаляемые" папки и файлы можно при помощи SSH (Putty или еще чего-нибудь). Как это делается? Запускаем PuTTy, прописываем нужный нам путь, например cd domains/baryga.kz и далее пишем MC и ENTER -> Открывается Midnight Commander и в нем удаляем все что не удалялось через ФТП клиент.